電火花高速穿孔機除了平時每次使用完畢后，要把工作臺面上的水和工件殘渣清理干凈．以免長時間的積水腐蝕機械造成積水盤生銹，產生漏水。還要經常對電火花穿孔機的水泵保養，因為水泵在電火花穿孔機中是一個非常重要的部件，如果電火花穿孔機使用的是氣動泵，一般情況下運行的工作壓力為10Mpa，因此過濾和壓縮空氣排水要格外注意。如果壓縮空氣不純的話，則容易造成拉缸。如果電火花穿孔機使用的是水泵，那么運行的工作壓力一般在7Mpa，工作時里面的曲軸承受著非常大的壓力，如果潤滑油經過一段時間工作后不及時更換的話，就會造成容易磨損的后果。而且需要時常清理以及更換自來水上的過濾器，否則水中的雜質會對銅管造成堵塞，導致使用過程中產生不穩定現象或是燒壞銅管。所以用戶不能忽略。

其次是電火花穿孔機旋轉頭的維護保養，和電火花穿孔機水泵差不多，旋轉頭也是在高壓下工作的，其密封件需要定期更換，如果到了出現漏水的情況再更換的話，有可能水已經滲透到了軸承，導致軸承生銹及卡死現象，將影響機器的使用壽命，那樣造成損失就更大了。

絲桿也是電火花穿孔機床的重要部件之一，絲桿分為X軸Y軸Z軸，機床在運作過程中會對絲桿造成磨損，因此，為了減少絲桿的損耗，需要每天在運作前對機器進行檢查，將機油注入。其中有個值得注意的地方是，絲桿的Z軸是在里面的，是無法直接看到的。因此在加油的時候以及涂黃油的時候一定要將油嘴對準絲桿，以確保機油能準確注入。